Certificado digital no aparece en el iPhone

El problema que describes es habitual y se debe a cómo gestiona iOS la instalación de certificados. Cuando instalas un certificado mediante la App de Moneda y Timbre (FNMT), este se descarga como un "perfil descargado" que requiere una instalación manual adicional en los ajustes del sistema. 

1. Localizamos el certificado, por ejemplo lo hemos guardado en la app de Archivos, y lo tocamos para abrirlo.
2. Si se nos pregunta dónde queremos instalarlo elegimos iPhone o iPad.
3. Ante el aviso de Perfil descargado tocamos Cerrar.
4. Abrimos la app Ajustes en nuestro iPhone o iPad.
5. En la parte superior, bajo nuestro nombre, tocamos en Perfil descargado.
6. Tocamos Instalar.
7. Introducimos la contraseña de nuestro iPhone o iPad.
8. Si vemos un aviso afirmando que El perfil no está firmado tocamos Instalar y confirmamos tocando de nuevo Instalar.
9. Introducimos la contraseña del certificado.
10. Tocamos Siguiente.
11. Pulsamos OK.