Hola!
En pincipio usar la carga inalambrica (lo que llamas por iman) o por Lightning (por cable), no debe de afectar al dispositivo. Se pueden usar cualquiera de los dos metodos en distintos momento sin afectar al otro.
En situaciones similares, el puerto Lightning (el orificio por el que entra el cable de carga) se encuentraba con algo de suciedad que impedia el correcto contacto del conector, haciendo que no cargue el dispositivo.
Si quieras limpiar el conector Lightning interno, puedes usar un paño suave, seco y sin pelusa, pero no uses líquidos ni productos de limpieza.
Para más informacíon aquí.
Personalmente, yo he limpiado el conector con un alfiler, aunque no es lo más recomendable ya que puedes dañarlo, por eso te recomiendo solicitar asistencia en el Genius Bar mediante este enlace, pulsando en el boton "Obtener ayuda para hardware".